18  Alineamiento de modelos estructurales

En este módulo aprenderás a alinear y comparar modelos tridimensionales utilizando ChimeraX, enfocándote en la evaluación visual de similitudes y diferencias estructurales.

18.1 🧬 Cargar múltiples estructuras

Abre los modelos que deseas alinear. Por ejemplo:

open model1.pdb
open model2.pdb

ChimeraX asignará identificadores como #1, #2, etc., para referirse a cada modelo cargado.

18.2 🔄 Superposición automática de estructuras

Usa el comando matchmaker, que alinea modelos basándose en sus cadenas:

matchmaker #2 to #1

Esto alineará el modelo #2 sobre el #1 usando la mejor correspondencia estructural.

📌 Puedes especificar regiones o cadenas específicas si es necesario, por ejemplo:

matchmaker #2/A:10-100 to #1/A:10-100

18.3 🎨 Evaluación visual de similitudes y diferencias

18.3.1 Cambiar colores para facilitar la comparación:

color #1 cornflowerblue
color #2 orange

18.3.2 Ajustar transparencia para ver estructuras superpuestas:

transparency 0.4 #2

18.3.3 Mostrar el RMSD (desviación cuadrática media):

  • Después del alineamiento, ChimeraX reportará automáticamente el RMSD en la consola.
  • Para volver a calcularlo explícitamente:
rmsd #1/A:10-100 #2/A:10-100

18.4 📏 Comparar residuos equivalentes

Puedes mostrar líneas de correspondencia entre residuos alineados:

match show true

Y activar etiquetas:

label sel

18.5 📷 Exportar la comparación estructural

Para guardar una imagen de la comparación:

save ~/Desktop/alineamiento_modelos.png supersample 3

18.6 ✅ Buenas prácticas

  • Usa estructuras de alta confianza (pLDDT > 70) para comparar regiones confiables.
  • Limita el alineamiento a regiones homólogas o funcionales si los modelos son divergentes.
  • Considera otras herramientas (como TM-align) si necesitas comparaciones cuantitativas más detalladas.

18.7 🧠 Conclusión

El alineamiento estructural es una herramienta poderosa para evaluar similitudes funcionales, conservación evolutiva o validar modelos generados. Con ChimeraX, puedes obtener una evaluación tanto visual como numérica de estas comparaciones de manera intuitiva y precisa.