9  Recorte de alineamientos

En este módulo aprenderás a recortar alineamientos múltiples para eliminar regiones poco informativas o mal alineadas, lo cual es clave para análisis filogenéticos robustos.

9.1 🔧 Herramienta: trimal

trimAl es una herramienta eficiente para automatizar el filtrado de alineamientos eliminando columnas con demasiados gaps o baja conservación.

9.2 ▶️ Recorte automático

Utilizamos la opción -automated1, que aplica criterios estándares automáticos para identificar y eliminar posiciones no confiables.

# Recorte de proteínas alineadas con MAFFT
trimal -in all_protein_mafft.aln -out all_protein_trimmed.aln -automated1

# Recorte de CDS alineados con MAFFT
trimal -in all_cds_mafft.aln -out all_cds_trimmed.aln -automated1

9.3 🔎 ¿Qué hace -automated1?

Esta opción evalúa varias métricas como:

  • Proporción de gaps por columna
  • Nivel de conservación
  • Longitud del alineamiento

Y elimina automáticamente las regiones que podrían introducir ruido.

9.4 📌 Recomendaciones

  • Visualiza el resultado antes y después con Jalview para entender qué fue eliminado.
  • Si tu análisis es sensible (como construcción de árboles), siempre recorta el alineamiento.
  • Para mayor control, trimal permite opciones como -gt (gap threshold) o -cons (conservación mínima), útiles en contextos específicos.