2  Instalación de herramientas

En este módulo aprenderás a instalar y preparar tu entorno bioinformático en sistemas basados en Linux (Ubuntu/Debian).

2.1 🔧 Herramientas principales

Puedes instalar las herramientas con apt (si están disponibles) o descargarlas desde sus sitios oficiales:

# Herramientas de alineamiento y análisis
sudo apt install ncbi-blast+ seqkit muscle clustalo mafft fasttree iqtree

# Visualizadores
sudo apt install jalview figtree

# Instalar trimal (requiere compilar)
wget https://github.com/inab/trimal/archive/refs/tags/v1.5.0.tar.gz
tar -xvzf v1.5.0.tar.gz
cd trimal-1.5.0/source
make
sudo cp trimal /usr/local/bin/

# Instalar weblogo (requiere pip)
pip install weblogo

💡 Recomendación: Documenta los pasos en un archivo README o script .sh para facilitar futuras instalaciones.

2.2 Descargar la imagen Docker personalizada

En caso de usar una imagen Docker, los pasos generales son:

sudo docker pull davidalbertoge/bioinfo_seq-alig:0.0.1

Verificar que se descargó correctamente

docker images

Resultado esperado:

REPOSITORY                             TAG       IMAGE ID       CREATED        SIZE
davidalbertoge/bioinfo_seq-alig        0.0.1     b99918d2a909   2 months ago   7.54GB

Para ejecutar un contenedor interactivo:

docker run -v <directorio/trabajo/>:/home/ -it davidalbertoge/bioinfo_seq-alig:0.0.1

# Deberá generar una terminal nueva