17  Visualización y análisis en ChimeraX

En este módulo aprenderás a explorar modelos tridimensionales predichos utilizando ChimeraX, una herramienta moderna y poderosa para el análisis estructural. Se enfatiza la interpretación visual de la calidad de la predicción (pLDDT), así como la identificación de posibles regiones funcionales.

17.1 🧬 Abrir un modelo estructural

1. Instala ChimeraX desde: UCSF ChimeraX
2. Abre el programa y ejecuta en la línea de comandos:

open model.pdb

O usa la interfaz gráfica:

• File > Open y selecciona tu archivo .pdb.

17.2 🎨 Colorear por confianza estructural (pLDDT)

• Si el archivo .pdb proviene de AlphaFold o ColabFold, contiene puntuaciones de pLDDT como valores en la columna B-factor.
• Puedes colorear la estructura según estos valores con el siguiente comando en ChimeraX:

color byattribute bfactor palette blue:green:yellow:red

pLDDT	Color	Confianza
>90	Azul	Muy alta
70–90	Verde	Alta
50–70	Amarillo	Baja
<50	Rojo	Muy baja

🎯 Este esquema te permite visualizar rápidamente qué partes del modelo son confiables y cuáles deben tratarse con precaución.

17.3 🔍 Identificación de regiones funcionales

17.3.1 Visualiza residuos clave

Para marcar residuos específicos (por ejemplo, un sitio activo o de unión):

select :145
label sel

También puedes seleccionar rangos:

select :145-160

17.3.2 Vista de superficie

Para observar posibles sitios de interacción:

surface
transparency 0.5

17.3.3 Medir distancias o ángulos

Herramientas como distance, angle, y torsion están disponibles:

distance :50@CA :120@CA

17.4 🌐 Cargar anotaciones adicionales

Puedes integrar anotaciones desde UniProt o bases de datos externas si el modelo tiene un ID asociado. Por ejemplo:

open uniprot:Q9Y6K9

Esto descarga y visualiza directamente desde AlphaFold DB si está disponible.

17.5 📷 Exportar imágenes

Para guardar una imagen de tu vista actual:

save ~/Desktop/estructura.png supersample 3

🖼️ Usa supersample para mayor calidad de exportación.

17.6 ✅ Buenas prácticas

• Siempre revisa las regiones de baja confianza antes de hacer inferencias funcionales.
• Usa estructuras experimentales (si existen) para validar lo predicho.
• Documenta cualquier modificación o resalte visual en capturas.

17.7 📌 Conclusión

ChimeraX permite una exploración rica e interactiva de modelos estructurales. La combinación de visualización por pLDDT y anotaciones funcionales facilita un análisis más riguroso y biológicamente relevante de las predicciones.