11  Construcción de árboles filogenéticos

En este módulo aprenderás a generar árboles filogenéticos a partir de alineamientos múltiples recortados, utilizando herramientas rápidas y robustas como FastTree e IQ-TREE.

11.1 ⚡ Generación de árboles con FastTree

FastTree es una herramienta rápida y eficiente para construir árboles a partir de alineamientos, especialmente útil para grandes conjuntos de datos.

# Árbol con proteínas
fasttree all_protein_trimmed.aln > all_protein.tree

# Árbol con CDS
fasttree all_cds_trimmed.aln > all_cds.tree

🔍 Usa aproximaciones de máxima verosimilitud (ML) con heurísticas rápidas.

11.2 🧠 Construcción con IQ-TREE

IQ-TREE es una herramienta más avanzada que permite:

• Selección automática del mejor modelo evolutivo
• Bootstrapping ultrarrápido
• Análisis más detallado

# Árbol con proteínas (modelo automático)
iqtree -s all_protein_trimmed.aln -m TEST -bb 1000 -nt AUTO

# Árbol con CDS (modelo automático)
iqtree -s all_cds_trimmed.aln -m TEST -bb 1000 -nt AUTO

📌 -m TEST: prueba múltiples modelos y selecciona el mejor. 📌 -bb 1000: realiza 1000 replicaciones de bootstrap ultrarrápido.

11.2.1 📘 Conceptos básicos (para profundizar)

• Modelos de sustitución: Determinan cómo cambian los residuos a lo largo del tiempo.
• Bootstrap: Mide la confiabilidad de las ramas.
• Topología: La forma del árbol; refleja relaciones evolutivas.