# Logo para proteínas
weblogo -f all_protein_trimmed.aln -o all_protein_logo.png
# Logo para CDS
weblogo -f all_cds_trimmed.aln -o all_cds_logo.png10 Visualización de conservación con WebLogo
En este módulo aprenderás a generar representaciones gráficas de regiones conservadas a partir de alineamientos múltiples utilizando la herramienta WebLogo. Estas representaciones permiten identificar posiciones clave en secuencias homólogas.
10.1 🧬 ¿Qué es un logo de secuencia?
Un logo de secuencia es una representación gráfica de la conservación de residuos en un alineamiento múltiple. Las letras más grandes indican mayor conservación en una posición específica. Es útil para:
- Visualizar motivos funcionales (ej. sitios activos).
- Comparar conservación entre proteínas ortólogas.
- Detectar regiones variables o divergentes.
10.2 🛠️ Generación de logos con WebLogo
WebLogo puede usarse en línea (sitio web) o en terminal (requiere instalación previa).
-f: archivo de entrada en formato FASTA o CLUSTAL.-o: archivo de salida, usualmente.pngo.pdf.
10.3 🔍 Interpretación del logo
| Elemento | Significado |
|---|---|
| Letra grande | Residuo altamente conservado |
| Letra pequeña | Residuo variable |
| Altura total de la columna | Información en bits (conservación total en esa posición) |
| Colores | Representan tipos de residuos (pueden personalizarse) |
10.4 📘 Recomendaciones
- Asegúrate de usar alineamientos recortados y de calidad (por ejemplo, generados con
trimal). - Para mejorar la legibilidad, puedes ajustar el rango de posiciones con
--first-indexy--last-index. - WebLogo admite formatos como FASTA, CLUSTAL, MSF y PHYLIP.
10.5 💡 Consejos
- Usa WebLogo para crear figuras interpretables en artículos o presentaciones.
- Puedes exportar en SVG para edición en Inkscape o Illustrator.
- Considera hacer logos separados por grupos (por ejemplo, ortólogos vs. parálogos) si estás comparando familias.