12 Visualización de árboles filogenéticos

En este módulo aprenderás a visualizar y explorar árboles filogenéticos, así como los alineamientos que los originan. Esto es fundamental para interpretar relaciones evolutivas y evaluar la calidad del análisis.

12.1 🔬 Visualización de alineamientos con `Jalview`

Jalview es una herramienta gráfica para visualizar y editar alineamientos múltiples. Permite observar regiones conservadas, gaps y otras características.

jalview all_protein_trimmed.aln
jalview all_cds_trimmed.aln

🧩 Puedes colorear por identidad, conservar anotaciones y exportar imágenes o datos.

12.2 🌳 Visualización de árboles con FigTree

FigTree permite ver árboles en forma gráfica, personalizar etiquetas, cambiar el formato y exportar figuras para publicación.

figtree all_protein.tree
figtree all_cds.tree

🎨 Puedes ajustar la forma del árbol (radial, rectangular), visualizar valores de soporte y reorganizar ramas.

12.3 🛠️ Comparativa de herramientas para visualizar árboles filogenéticos

Herramienta	Interfaz	Formatos soportados	Ventajas principales	Limitaciones	Recomendado para…
FigTree	Gráfica (desktop)	`.tree`, `.nwk`, `.nex`	Fácil de usar, personalizable, ideal para publicaciones	No soporta grandes árboles; desarrollo detenido	Árboles pequeños a medianos
iTOL	Web	`.newick`, `.nexus`, etc.	Muy interactivo, admite anotaciones, integración con metadatos	Requiere cuenta para funciones avanzadas	Visualización rica y compartible en la web
Dendroscope	Gráfica (Java)	`.newick`, `.nexus`	Manejo eficiente de árboles grandes, herramientas para edición	Interfaz menos intuitiva	Árboles grandes o redes filogenéticas
ETE Toolkit	Programática (Python)	`.newick`, `.nexus`, `.phyloxml`	Muy flexible, permite anotaciones automáticas, integración con scripts	Requiere conocimientos de Python	Automatización y análisis filogenético a escala
Archaeopteryx	Java (GUI o web)	`.phyloxml`, `.newick`	Permite explorar árboles enriquecidos con anotaciones evolutivas	Interfaz antigua, poco intuitiva	Estudios con anotaciones funcionales complejas
Jalview	Gráfica	`.aln`, `.fasta`, `.nexus`	Visualiza alineamientos con árboles combinados	Árboles simples; limitado en edición de topología	Relación entre alineamiento y filogenia

12.3.1 🧭 Sugerencia de uso

Para análisis rápidos y simples, FigTree es suficiente.
Para publicaciones interactivas o enriquecidas, iTOL es ideal.
Para árboles grandes o integrados en pipelines, usa ETE o Dendroscope.
Para combinar alineamientos y árboles, Jalview ofrece una vista complementaria.