2  Instalación de Software

En este módulo se muestra una guía paso a paso de la instalación de herramientas necesarias para trabajar en este curso:

2.1 Instalar WSL (Windows)

  1. Abre PowerShell como Administrador.

  2. Ejecuta el comando:

wsl --install

  1. Reinicia tu equipo cuando se solicite.

  2. Tras reiniciar, abre una terminal de Ubuntu (u otra distribución) desde el menú inicio.

  3. Configura tu usuario y contraseña en la primera ejecución.

  4. Para más detalles, revisa la documentación oficial: https://learn.microsoft.com/es-es/windows/wsl/install

2.2 Instalar Docker

2.2.1 Docker Desktop (Windows)

  1. Descarga el instalador desde: https://docs.docker.com/desktop/setup/install/windows-install/
  2. Ejecuta el instalador y sigue los pasos por defecto.
  3. Al finalizar, abre Docker Desktop.

2.2.2 Docker Desktop (macOS)

  1. Descarga el instalador desde: https://docs.docker.com/desktop/setup/install/mac-install/
  2. Ejecuta el instalador y sigue los pasos por defecto.
  3. Al finalizar, abre Docker Desktop.

2.2.3 Docker Engine (Linux)

La instalación puede variar según la distribución con la que se cuenta, revisar el manual en https://docs.docker.com/desktop/setup/install/linux/. A continuación se muestra la instalación en Ubuntu.

Mediante repositorio Docker apt

  1. Configurar el repositorio de Docker
# Actualizar los paquetes e instalar dependencias
sudo apt-get update
sudo apt-get install ca-certificates curl

# Agregar la clave GPG oficial de Docker
sudo install -m 0755 -d /etc/apt/keyrings
sudo curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg -o /etc/apt/keyrings/docker.asc
sudo chmod a+r /etc/apt/keyrings/docker.asc

# Agregar el repositorio a las fuentes de APT
echo \
  "deb [arch=$(dpkg --print-architecture) signed-by=/etc/apt/keyrings/docker.asc] https://download.docker.com/linux/ubuntu \
  $(. /etc/os-release && echo "${UBUNTU_CODENAME:-$VERSION_CODENAME}") stable" | \
  sudo tee /etc/apt/sources.list.d/docker.list > /dev/null
sudo apt-get update
  1. Instalar los paquetes de Docker
# Instalar la última versión
sudo apt-get install docker-ce docker-ce-cli containerd.io docker-buildx-plugin docker-compose-plugin
  1. Verifica la instalación
docker --version
sudo docker run hello-world

Instalación manual desde los paquetes deb

  1. Visita https://download.docker.com/linux/ubuntu/dists/, selecciona tu versión de Ubuntu y arquitectura, luego descarga:

    • containerd.io_<version>_<arch>.deb
    • docker-ce_<version>_<arch>.deb
    • docker-ce-cli_<version>_<arch>.deb
    • docker-buildx-plugin_<version>_<arch>.deb
    • docker-compose-plugin_<version>_<arch>.deb

  2. Instala los paquetes

sudo dpkg -i ./containerd.io_<version>_<arch>.deb \
  ./docker-ce_<version>_<arch>.deb \
  ./docker-ce-cli_<version>_<arch>.deb \
  ./docker-buildx-plugin_<version>_<arch>.deb \
  ./docker-compose-plugin_<version>_<arch>.deb
  1. Iniciar y verificar Docker
sudo service docker start
sudo docker run hello-world

2.2.4 Docker Desktop (Linux)

Una vez instalado Docker Engine, podemos instalar Docker Desktop

  1. Descarga la última version de paquete DEB.
  2. Instalaa el paquete usando apt
sudo apt-get update
sudo apt-get install ./docker-desktop-amd64.deb
  1. Al finalizar, abre Docker Desktop.

2.3 Descargar la imagen Docker personalizada

En caso de usar una imagen Docker, los pasos generales son:

sudo docker pull davidalbertoge/bioinfo_seq-alig:0.0.1

Verificar que se descargó correctamente

docker images

Resultado esperado:

REPOSITORY                             TAG       IMAGE ID       CREATED        SIZE
davidalbertoge/bioinfo_seq-alig        0.0.1     b99918d2a909   2 months ago   7.54GB

Para ejecutar un contenedor interactivo:

docker run -v <directorio/trabajo/>:/home/ -it davidalbertoge/bioinfo_seq-alig:0.0.1

# Deberá generar una terminal nueva

2.4 Instalar Git

2.4.1 Windows

  1. Descarga el instalador desde: https://git-scm.com/downloads/win
  2. Ejecuta el instalador y acepta las opciones por defecto.
  3. Abre Git Bash desde el menú inicio.

2.4.2 macOS

  1. Instala homebrew, sino lo tienes instalado
/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"
  1. Instala git usando el siguiente comando
brew install git

2.4.3 Linux

  1. Instala git usando el siguente comando
sudo apt update
sudo apt install git

2.4.4 Verifica la instalación

git --version

2.5 Instalar R y RStudio

2.5.1 Windows

  1. Descarga el instalador de R desde: https://cran.r-project.org/bin/windows/base/
  2. Ejecuta el instalador y sigue los pasos por defecto.
  3. Descarga RStudio Desktop desde: https://posit.co/download/rstudio-desktop/
  4. Ejecuta el instalador de RStudio y sigue las instrucciones.

2.5.2 macOS

  1. Descarga el instalador de R desde: https://cran.r-project.org/bin/macosx/
  2. Abre el archivo .pkg y sigue las instrucciones para instalar.
  3. Descarga RStudio Desktop desde: https://posit.co/download/rstudio-desktop/
  4. Arrastra RStudio.app a tu carpeta de Aplicaciones.

2.5.3 Linux (Debian/Ubuntu)

  1. Instala R desde los repositorios de CRAN:
sudo apt update
sudo apt install r-base
  1. Verifica la instalación:
R --version

  1. Descarga el paquete .deb de RStudio desde: https://posit.co/download/rstudio-desktop/

  2. Instala RStudio:

sudo dpkg -i rstudio-*.deb
sudo apt-get install -f  # Para resolver dependencias si es necesario
  1. Verifica que puedes abrir RStudio desde el menú o con:
rstudio

2.6 Instalar Visual Studio Code

  1. Descarga el instalador desde: https://code.visualstudio.com/

  2. Ejecuta el instalador:

    • En Windows: sigue el asistente.

    • En macOS:

      • Extrae el archivo .zip
      • Arrastra .app a la carpeta de Aplicaciones

    • En Linux (Debian/Ubuntu):

sudo apt update
sudo dpkg -i code.deb

¡Listo! Ahora dispones de un entorno configurado con WSL, Docker, Git, R, RStudio y VS Code listo para empezar tu aprendizaje en BioCode Academy.