Introducción a Unix para Bioinformática

Author

David Alberto García Estrada

BioCode Academy

Información general

¡Bienvenido al punto de partida de tu viaje bioinformático! 🌟 Este curso te introduce al poderoso mundo de Unix, la columna vertebral de casi todas las herramientas bioinformáticas modernas.

🔍 ¿Qué aprenderás?

  • 📁 Navegación eficiente por el sistema de archivos
  • ⌨️ Dominio de comandos esenciales para el análisis de datos
  • 📝 Creación de scripts para automatizar tareas repetitivas
  • 🧩 Manipulación de archivos de secuencias biológicas
  • 🔄 Pipelines básicos de procesamiento de datos
  • ⌛ Duración: 8 horas (2 horas diarias)
  • 💬 Idioma: Español
  • 📍 Ubicación: Virtual (Teams)
  • 📝 Modalidad: Práctico (80%) + Teórico (20%)
  • Requerimientos:
    • 💻 Laptop
    • 🌐 Conexión a internet
    • 🐧 Ambiente Unix/WSL (no obligatorio)

NO SE REQUIERE CONOCIMIENTO PREVIO EN PROGRAMACIÓN

📅 Día 1

Módulo 1: Introducción & Configuración

Objetivo: Al finalizar, tendrás un ambiente Unix para posteriores análisis.

Actividades:

  • 🔥 Bienvenida & dinámicas

    • Presentación del curso
    • Código de conducta
    • Ronda exprés de presentaciones

  • 💻 Instalación de software

  • 🌐 Filosofía Unix & Bash

    • ¿Por qué “Unix” y por qué “shell”?
    • Principios básicos y ventajas

  • 💻 Datos biológicos

    • Secuencias biológicas: ADN, ARN y proteínas

📅 Día 2

Módulo 2: Navegación y Gestión de Archivos

Objetivo: Gestionarás archivos y carpetas, y procesarás texto desde la terminal.

Actividades:

  • 📁 Exploración del Sistema de Archivos

    • Comandos básicos ls, cd, tree
    • Atajos (~, ., .., $PWD)

  • 🗂 Gestión de Archivos y Directorios

    • touch, mkdir, cp, mv, rm

  • 📄 Procesamiento de texto

    • cat, head, tail, less
    • Redireccionamiento (>, >>, |)
    • Editor de texto (nano)

  • 🔍 Búsqueda avanzada

    • grep, find, wc

📅 Día 3

Módulo 3: Fundamentos de Scripting Shell

Objetivo: Automatizarás tareas creando y depurando tus propios scripts.

Actividades:

  • 🚀 Introducción al scripting

    • Shebang (#!/bin/bash)
    • Permisos (chmod +x)

  • 🔣 Variables & parámetros

    • Definir variables, comillas
    • Argumentos posicionales ($1, $@)

  • 🤔 Control de flujo

    • if…then…else, case
    • Bucles for, while, until

📅 Día 4

Módulo 4: Proyecto Final

Objetivo: Entrega y presentación de un mini-proyecto.

Actividades:

  • 🎯 Inicio de proyecto

    • Definición de alcance (e.g. pipeline de texto)

  • 💻 Hackathon guiado

    • Trabajo en parejas/grupos
    • Mentoría en vivo

  • 🏆 Demo & retroalimentación

    • Presentaciones exprés - Feedback colectivo

David Alberto García Estrada